
医療費控除はさかのぼって申告できる?ケース別のやり方と必要書類をわかりやすく解説
»今の貯金で何年暮らせる?いますぐ簡単シミュレーション
「数年前に医療費が多かったけれど、申告し忘れていた」「今からでも還付を受けられる?」と申告し忘れていた医療費控除について、今からでも対応できるのか気になっている人も多いのではないでしょうか。
医療費控除は、最長5年前までさかのぼって申告することが可能です。
本記事では、専門家監修のもと、医療費控除の申告の期限・必要書類・具体的なやり方をわかりやすく解説します。紙での申告方法からe-Taxの入力手順、還付金の受け取り時期まで詳しく紹介していきます。
- 医療費控除を5年間さかのぼって申告できる「還付申告」の仕組み
- 申告前に確認すべき対象費用や必要書類
- 国税庁サイトを使った具体的な申告書の作成手順と提出方法
医療費控除が気になるあなたへ
老後をお金の不安なく暮らすために、まずは現状を知ることから始めましょう。マネイロでは、老後資金づくりをサポートする無料ツールを利用いただけます。
▶老後資金の無料診断:老後に必要な金額を3分で診断
▶夫婦で考えるお金の基本セミナー:ライフステージごとのお金の管理がわかる
▶年金の基本と老後資金準備:年金を増やす方法や制度の落とし穴を学ぶ
医療費控除は過去5年分までさかのぼって申告できる
医療費控の申告を忘れていた場合でも、過去5年分までさかのぼって手続きが可能です。
これは「還付申告」という制度を利用するためで、通常の確定申告とは異なり、ペナルティの心配もありません。
さかのぼり申告の対象期間(2025年に申告できるのは2020年分まで)
医療費控除をさかのぼって申告できる期間は、対象となる年の翌年1月1日から5年間と、国税通則法によって明確に定められています。
この手続きは、所得税法上の「還付申告」として扱われ、この5年間という期限は、還付金を受け取る権利(還付請求権)が時効によって消滅するまでの期間を指します。
申告が遅れ、時効の期限が成立してしまうと、それ以前の年分の医療費控除による還付金を受け取る権利そのものが消滅するため注意が必要です。
還付申告の時効の起算日は「暦年終了後(対象となる年の翌年1月1日)」とされています。したがって、現在(2025年中)にさかのぼって申告できるのは、2020年分の医療費からが最も古い対象となり、その申告期限は2025年12月31日までとなります。
還付申告は、確定申告の義務がない給与所得者などであれば、通常の確定申告期間(2月16日~3月15日)を過ぎた後でも提出が可能です。時効による権利消滅を避けるため、申告漏れに気づいた際は速やかに手続きを始めましょう。
確定申告の「還付申告」は期限後でも受け付け可能
医療費控除のさかのぼり申告は、納め過ぎた所得税の払い戻しを求める手続きであり、正式には「還付申告」と呼ばれます。年末調整で税額計算が完了している給与所得者でも、医療費控除を適用したい場合に、この手続きを通じて還付金を受け取ることができます。
通常の確定申告(納税申告)が毎年2月16日から3月15日までと期間が定められているのに対し、還付申告は、対象年の翌年1月1日から5年間、いつでも提出が可能です。
この5年間のさかのぼり申告が認められている根拠は、国税通則法に規定されている「国税の還付請求権の消滅時効」によるものです。これにより、過去の医療費控除の申請漏れがあっても、焦らずに申告できます。
還付申告が期限後でも受け付けられる理由は、納税者が自発的に税金の還付を求める権利行使であり、納税義務を伴う確定申告とは性質が異なるためです。
両者の違いを理解しておくと、医療費控除をさかのぼって申告する際の混乱を防げます。
この還付申告は義務ではないため、通常の確定申告期間を過ぎたからといって、税務署からのペナルティが課されることは一切ありません。
ただし、年収2000万円超の給与所得者や副業所得が20万円超など、本来確定申告の義務がある人が還付を受ける場合、還付申告ではなく通常の「確定申告」として期限内に手続きを完了させる必要がある点には注意が必要です。
医療費控除をさかのぼって申告する前に確認すべきこと
医療費控除をさかのぼって申告する際は、対象となる医療費の範囲を正しく理解しておくことが重要です。
自分自身の医療費だけでなく、家族のために支払った費用や、通院にかかった交通費なども対象になる場合があります。
申告漏れがないように、何が含まれるのかを事前にしっかりと確認しましょう。
家族の医療費もまとめて申告できる
医療費控除をさかのぼって申告する際、大きなメリットの一つは、納税者本人だけでなく、「生計を一にする」配偶者やその他の親族のために支払った医療費もまとめて合算できる点です。
これにより、控除の対象となる医療費の合計額(年間10万円または総所得の5%を超える部分)を大きくすることができます。
ただし、総所得金額等が200万円未満の人は、控除額の計算における最低基準額が変わるため、申告前にシミュレーションを行い、どちらが有利になるかを確認することが推奨されます。
通院交通費や薬代も対象になるケース
医療費控除の対象となる費用は、病院での診療費や治療費以外にも多岐にわたります。過去5年分をさかのぼって「医療費控除」を申告する際には、申告漏れを防ぐために、これらの費用の範囲を把握し、しっかりと計算に含めることが重要です。
主に控除の対象となる費用、および判断に迷いやすい費用の例は以下の通りです。
特に通院交通費について、領収書がない場合でも、日付、利用した交通機関、区間、運賃を記録したメモがあれば、さかのぼり申告の証拠書類として利用可能です。
なお、タクシー代は、公共交通機関の利用が困難な状況(緊急時や病状が重い場合など)に限り、控除の対象となります。
領収書がない場合の対応方法
医療費控除の申告では、特に過去の分をさかのぼって申告する場合、領収書の紛失が課題となりがちです。
しかし、支払いを証明する代替手段が認められているため、領収書がない場合でも諦める必要はありません。
以下の方法で対応できる場合があります。
- 医療費通知(医療費のお知らせ)の活用:健康保険組合から送付される「医療費通知」は、原則として領収書の代わりとして利用できます
- 通院交通費は記録メモで代替:電車やバスなどの公共交通機関を利用した通院交通費は領収書が出ませんが、控除の対象です
病院の領収書を紛失し、医療費通知にも記載がない場合は、病院に相談することで「支払証明書」や「領収額証明書」を(有料で)発行してもらえることがあります。
また、クレジットカードや電子マネーで支払った医療費については、利用明細や銀行口座の出金履歴が、支払いの事実を証明する代替書類として利用できる場合があるため、事前に税務署に確認しましょう。
医療費控除が気になるあなたへ
老後をお金の不安なく暮らすために、まずは現状を知ることから始めましょう。マネイロでは、老後資金づくりをサポートする無料ツールを利用いただけます。
▶老後資金の無料診断:老後に必要な金額を3分で診断
▶夫婦で考えるお金の基本セミナー:ライフステージごとのお金の管理がわかる
▶年金の基本と老後資金準備:年金を増やす方法や制度の落とし穴を学ぶ
医療費控除をさかのぼって申告する具体的な手順
医療費控除をさかのぼって申告する手順は、通常の確定申告と大きく変わりません。
まずは必要書類を揃え、国税庁のウェブサイトなどを利用して申告書を作成し、税務署に提出するという流れになります。初めての方でも手順通りに進めれば、問題なく手続きを完了できます。
ステップ①必要書類を準備する
医療費控除を過去にさかのぼって申告する(還付申告)ためには、申告する年分ごとに必要な書類を漏れなく準備することが重要です。
還付申告は対象年の翌年1月1日から5年間さかのぼって行うことができるため、古い年分の書類が揃っているか確認しましょう。
所得金額を証明する書類
還付金の計算には所得金額の確定が不可欠です。申告者の属性によって必要な書類が異なります。
- 会社員・給与所得者: 対象年分の源泉徴収票
- 年金受給者: 対象年分の公的年金等の源泉徴収票
- 個人事業主など: 対象年分の青色申告決算書または収支内訳書
過去の年分の源泉徴収票などを紛失した場合は、勤務先や年金支払者(日本年金機構など)に再交付を依頼する必要があります
医療費の証明と明細書
医療費控除をさかのぼって申告する際の最も重要な点として、原則として領収書の添付は不要であり、代わりに「医療費控除の明細書」を作成し、申告書に添付することが義務付けられています。
3.その他必須書類
- 還付金を受け取る口座情報: 申告者本人名義の金融機関口座情報
- 本人確認書類: マイナンバーカード(または通知カード+身分証明書)
なお、e-Taxで申告する場合は、医療費通知や領収書などの提出を省略できるため、紙で提出するよりも準備の負担が軽減されます。
ステップ② 申告書を作成する
必要書類が揃ったら、国税庁の「確定申告書等作成コーナー」を利用して申告書を作成するのが、過去にさかのぼって医療費控除を申告する最も簡単で確実なやり方です。
還付申告は、通常の確定申告期間(例年2月16日〜3月15日)に関係なく、申告したい年分の翌年1月1日から5年間、いつでも提出できます。
【還付申告書作成の流れ(PC・スマホ)】
- 作成開始と年分の選択:作成コーナーにアクセスし、「作成開始」を選択します。還付申告の場合は、トップ画面の「過去の年分の申告書等の作成」へ進み、申告したい対象の年分(例:令和4年分)を正確に選びます
- 提出方法の選択:e-Tax(電子申告)または「印刷して税務署に提出」を選びます。e-Taxを利用すると、マイナンバーカードとスマートフォンで申告書の作成・送信が完結し、郵送の手間がなくなります
- 収入・所得の入力:会社員の場合は、対象年分の源泉徴収票に基づき、以下の主要項目を正確に入力します
特に令和5年分以降の申告では、e-Taxでマイナンバーカードを利用したマイナポータル連携を使えば、勤務先が提出した源泉徴収票の情報が自動入力され、手入力の手間を大幅に削減できます。
- 医療費控除の入力:「所得控除の入力」画面で医療費控除を選択し、医療費通知データ(XMLなど)の読み込みや、領収書から集計した情報を入力していきます
- 還付金の確認と口座指定:すべての入力が完了すると、還付される税額が自動で計算されます。還付金の振込先口座情報を入力して申告書を確定させれば、作成作業は完了です。公金受取口座を登録済みであれば、その口座を振込先に指定することも可能です
ステップ③ 提出方法を選ぶ(税務署・郵送・e-Tax)
作成した確定申告書(還付申告)は、過去の年分をさかのぼって申告する場合でも、以下の3つの方法で提出できます。特に医療費控除を申告する際は、e-Taxを利用することで多くのメリットが得られます。
e-Taxでの提出手順(マイナンバーカードを使う場合)
e-Taxを利用すれば、過去の医療費控除をさかのぼって申告する手続きを、税務署に出向くことなく自宅から完結できます。
マイナンバーカード方式は、高いセキュリティを保ちながらスムーズに申告できるため、最も効率的なやり方です。
■ 事前準備と必須確認事項
e-Taxでの提出を始める前に、以下の点を確認しましょう。
- 利用端末の確認:マイナンバーカード読取り対応のスマートフォンが必要です。対応機種やOSの推奨環境は、国税庁のサイトで確認できます
- 今後の制度変更:令和7年10月1日からは、ID・パスワード方式の新規発行が停止される予定です。今後はマイナンバーカード方式が標準となるため、早めの利用に慣れておくことが推奨されます
■ マイナンバーカード方式による提出手順
申告書等作成コーナーで必要事項を入力後、提出に進みます。
- 提出方法の選択:最終画面で「e-Tax(マイナンバーカード方式)」を選択します。
- 電子署名の付与:画面の案内に従いマイナポータルアプリを起動し、スマホでマイナンバーカードを読み取ります。この際、署名用電子証明書パスワード(英数字6〜16文字)の入力が必要です。
- データ送信:認証が完了すると電子署名が付与され、申告データを送信できます。送信後は「受付完了」のメッセージを必ず確認してください。
紙で提出する場合の封筒の書き方と提出先一覧
医療費控除をさかのぼって申告する(還付申告)際、申告書を紙で作成した場合は、税務署の窓口に持参するか、郵送で提出することが可能です。
提出先は、原則として提出時の納税地(一般的には住民票の住所地)を所轄する税務署です。正確な税務署の名称と住所は、国税庁のウェブサイトにある「国税局・税務署を調べる」ページで確認しましょう。
還付金はいくら戻る?計算例でシミュレーション
医療費控除で実際にいくら税金が戻ってくるのかは、支払った医療費の額だけでなく、申告する人の所得によっても変わります。
還付金の基本計算式は以下の通りです。
- 還付金額 = 医療費控除額 × 所得税率
まず、還付金の基となる医療費控除額(上限200万円)を算出する際、差し引くべき「最低控除額」が所得に応じて変わる点に注意が必要です。
医療費の合計から保険金などで補填された金額を差し引いた後、以下の基準が適用されます。
- 総所得金額等が200万円以上の場合: 10万円
- 総所得金額等が200万円未満の場合: 総所得金額等の5%
「総所得金額等」とは、給与所得、事業所得、不動産所得などのすべての所得の合計額を指します。
控除額に掛け合わせる所得税率は、課税される所得金額に応じて5%から45%までの7段階の累進課税制度が適用されます。
(引用:No.2260 所得税の税率|国税庁)
還付金の振込時期と確認方法
医療費控除の申告(還付申告)を提出してから、実際に還付金が振り込まれるまでの期間は、提出方法や時期によって異なります。
提出方法別の還付時期の目安は以下の通りです。
- e-Tax(電子申告)で提出した場合:通常、約3週間程度で振り込まれます。
- 郵送または税務署の窓口で提出した場合:通常、おおむね1ヶ月から1ヶ月半程度かかります。
特に2月〜3月の確定申告期間中は、大量の申告書が提出されるため、処理に通常より時間がかかる傾向があります。
申告の際によくあるミスと注意点
医療費控除の申告は、慣れていないと計算ミスや計上漏れが起こりがちです。
よくある間違いを事前に把握し、正確な申告を心がけることで、スムーズな手続きと適切な還付を目指しましょう。
医療費通知と領収書を二重で計上してしまう
万が一、二重計上によって過少申告(本来の税額より少なく申告すること)が発覚した場合、税務署から指摘を受け、不足税額に加えてペナルティが課されます。
原則として、不足税額の10%に相当する過少申告加算税、または悪質と認められた場合は35%の重加算税が課される可能性があります。さらに、納付が遅れた日数に応じた延滞税も併せて発生します。
税務署は明細書の内容を確認するため、申告後も自宅で5年間はすべての医療費の領収書や記録の保存が義務付けられています。
申告後に誤り(二重計上)に気づいた場合は、指摘を受ける前に自主的に修正申告(更正の請求)を行うことで、ペナルティの負担を最小限に抑えられます。
医療費控除をさかのぼって申告する際は、正確性を最優先し、慎重に作業を進めるようにしましょう。
通院交通費の記録漏れ
国税庁の定める控除の原則として、医療費控除の対象となるのは「人的役務の提供の対価」として支出される、公共交通機関(電車、バスなど)の運賃に限られます。この原則を踏まえ、控除の対象となるものと対象外となるものを明確に区別することが重要です。
さかのぼり申告で交通費を正確に計上するためには、記憶に頼るのではなく、正確な記録が必要です。領収書がない場合でも、以下の5点を記載したメモがあれば申告が認められます。
【交通費記録メモに必須の5項目】
- 年月日:利用した日付
- 療養を受けた者:誰の通院か
- 利用した交通機関:電車、バスなど
- 区間:どこからどこまで
- 金額:片道または往復の運賃
交通費の金額が不明な場合は、乗り換え案内サイトなどを利用し、自宅と医療機関間の合理的な経路の運賃を調べて記録することが認められています。
日頃から記録の習慣をつけて正確な申請ができるように備えることが、還付金を最大限受け取るための鍵となります。
家族分を別々に申告して損をするケース
医療費控除は、「生計を一にする」家族全員の医療費を合算し、誰か一人の所得からまとめて控除することができます。日本の所得税は累進課税制度を採用しているため、所得が高い人ほど高い税率が適用されます。
この仕組みを利用して還付される税金の額を最大化するためには、家族の中で最も所得が高い人が全員分の医療費をまとめて申告することを徹底しましょう。
還付金の額は、控除額に適用される税率(所得税・住民税)によって決まります。
所得税率が高い人ほど、より大きな節税メリットを享受できます。
提出後に間違いに気づいた場合の修正方法(更正の請求)
申告した税額が多すぎた、または還付金が少なすぎたことに気づいた場合、「更正の請求」という手続きを行うことで内容を修正できます。
更正の請求は、その年の法定申告期限から5年以内であれば行えるため、過去の申告書を見直して間違いを発見した場合でも、安心してさかのぼって申告の是正が可能です。
まとめ
医療費控除は、申告を忘れていても過去5年分までさかのぼって「還付申告」を行うことができます。この手続きにペナルティはなく、払い過ぎた税金を取り戻す正当な権利です。
申告の際は、自分だけでなく生計を共にする家族の医療費や、通院にかかった交通費なども合算できることを忘れないようにしましょう。領収書がない場合でも、医療費通知や交通費のメモで対応可能です。
手続きは国税庁の「確定申告書等作成コーナー」とe-Taxを利用すれば、自宅から簡単に行えます。本記事で解説した手順や注意点を参考に、諦めていた過去の医療費を申告し、賢く税金の還付を受けましょう。
»今の貯金で老後暮らせるか不安…まずは将来資金を無料診断
医療費控除が気になるあなたへ
老後をお金の不安なく暮らすために、まずは現状を知ることから始めましょう。マネイロでは、老後資金づくりをサポートする無料ツールを利用いただけます。
▶老後資金の無料診断:老後に必要な金額を3分で診断
▶夫婦で考えるお金の基本セミナー:ライフステージごとのお金の管理がわかる
▶年金の基本と老後資金準備:年金を増やす方法や制度の落とし穴を学ぶ
※本記事の内容は記事公開時や更新時の情報です。現行と期間や条件が異なる場合がございます
※本記事の内容は予告なしに変更することがあります。予めご了承ください
オススメ記事


医療費控除はいつまで?2つの申告期限を分かりやすく解説

国民年金の控除証明書を出さないとどうなる?よくある困りごとの対策を解説

住宅ローン控除はいつまで?税制改正での変更点や新築・中古での違いなどを解説
監修
内山 智絵
- 公認会計士/税理士/AFP
大学在学中に公認会計士試験に合格。大手監査法人の地方事務所にて約10年間勤務し、上場企業を中心とした法定監査などの業務に携わる。出産・育児を機に監査法人を退職した後、2021年春に個人会計事務所を開業。地域の中小企業や個人事業主の身近な相談役として、法人・個人問わず税務・会計サポートを提供している。2025年夏に株式会社SheBlissを設立。自身の経験や女性起業特有の課題を踏まえ、女性が「やりたい」を形にして続けていけるように、専門性の高いサポートとコミュニティを提供している。
執筆
マネイロメディア編集部
- お金のメディア編集者
マネイロメディアは、資産運用に関することや将来資金に関することなど、お金にまつわるさまざまな情報をお届けする「お金のメディア」です。正確かつ幅広い年代のみなさまにわかりやすい、ユーザーファーストの情報提供に努めてまいります。
