
会社員でも確定申告が必要?義務になるケースと還付で得するケースを徹底解説
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会社員は年末調整があるため、「確定申告は不要」と思われがちですが、状況によっては申告が必要、または申告したほうが有利になるケースがあります。
たとえば、副業収入がある場合や医療費控除・寄附金控除(ふるさと納税)を受けたい場合などは、確定申告が欠かせません。一方で、条件を満たせば申告しなくても問題ないケースもあります。
本記事では、会社員が確定申告をすべきケース・不要なケースを整理し、判断のポイントをわかりやすく解説します。
- 会社員でも確定申告が「義務」になる5つのケース
- 確定申告をすると「得する(還付される)」6つのケース
- 会社員が確定申告を行う際の具体的な手順と注意点
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会社員は確定申告が不要?年末調整との違い
多くの会社員にとって、税金の手続きは年末調整で完結します。しかし、年末調整と確定申告は異なる役割を持っています。
まずは、この2つの基本的な違いを理解することが、会社員の確定申告を理解する第一歩です。
年末調整とは
年末調整とは、会社が従業員に代わって所得税の精算を行う手続きのことです。
毎月の給与からは所得税が天引き(源泉徴収)されていますが、この金額はあくまで概算です。
そのため、1年間の給与総額が確定する年末に、生命保険料控除や扶養控除などを反映して正しい税額を再計算します。
この結果、源泉徴収された合計額と本来納めるべき年間の税額との間に生じた過不足を調整するのが年末調整の役割です。多くの場合、払い過ぎた税金が還付されます。
会社員が原則として確定申告不要な理由
会社員が原則として確定申告をしなくてもよいのは、給与の支払者である会社が年末調整を通じて所得税の納税を完了させてくれるためです。
年末調整では、給与所得に関する所得税の計算だけでなく、配偶者控除や扶養控除、生命保険料控除といった多くの所得控除の申告も同時に行われます。
この仕組みによって、大部分の給与所得者は、自ら税務署で手続きをすることなく、所得税の納税義務を果たすことができます。
ただし、この年末調整で対応できない特定の収入や控除がある場合に、個人での確定申告が必要になります。
会社員でも確定申告が義務になる5つのケース
年末調整で税務手続きが完了する会社員でも、特定の条件に該当する場合は、法律で確定申告が義務付けられています。申告漏れはペナルティの対象となるため、自身が該当しないか必ず確認が必要です。
国税庁が定める代表的な5つのケースを解説します。
給与収入が2000万円超
給与の年間収入金額が2000万円を超える会社員は、年末調整の対象外となります。法律でそのように定められているため、会社は年末調整を行いません。
各種の所得控除(生命保険料控除や配偶者控除など)を適用し、所得税額を正しく計算・精算するためには、自身で確定申告を行う必要があります。
ここでいう「収入金額」とは、税金や社会保険料が引かれる前の、いわゆる「額面」の金額を指します。
副業の所得が20万円超
1ヶ所から給与を受け取っている会社員で、副業による所得の合計額が年間で20万円を超える場合、確定申告が必要です。
ここでいう「所得」とは、副業の「収入」から必要経費を差し引いた金額のことです。
例えば、Webライターの仕事で年間の収入が30万円あっても、経費が15万円かかっていれば所得は15万円となり、このルール上は申告不要となります。
このルールは、給与所得と退職所得以外の所得(例えば、原稿料やネットオークションの利益など)が対象です。
2ヶ所以上から給与を受け取っている
2ヶ所以上の会社から給与を受け取っている場合も、確定申告が必要になることがあります。
具体的には、主たる給与以外の給与(年末調整されなかった給与)の収入金額と、その他の所得(副業の所得など)の合計額が年間で20万円を超える場合に申告義務が生じます。
年末調整は通常、主たる給与を支払っている1社でしか行われません。そのため、複数の勤務先からの収入を合算して正しい所得税額を計算するために、確定申告が必要となります。
同族会社の役員で会社から利子・賃貸料を受け取っている
同族会社の役員などが、この会社から貸付金の利子や、不動産・機械などの資産の賃貸料を受け取っている場合も確定申告が必要です。
これは、給与とは別に会社から経済的な利益を受けていると見なされるためです。
会社からの給与は年末調整されますが、利子や賃貸料収入については年末調整の対象外となるため、個人で確定申告を行い、給与所得と合算して納税する必要があります。
その他の特殊ケース
上記以外にも、確定申告が義務となる特殊なケースがいくつか存在します。
- 災害減免法の適用を受けている人:災害によって住宅や家財に損害を受け、災害減免法により所得税の源泉徴収の猶予や還付を受けた場合、確定申告が必要です。
- 源泉徴収義務のない者から給与を受け取っている人:日本国外の法人など、日本の所得税法における源泉徴収義務がない者から給与の支払いを受けている場合は、自身で確定申告をしなければなりません。
- 退職所得の税額が源泉徴収額より多くなる人:退職金を受け取る際に「退職所得の受給に関する申告書」を提出しなかった場合など、正規の方法で計算した税額が源泉徴収された額を上回るケースでは、確定申告による精算が必要です。
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確定申告で還付を受けられる6つのケース
確定申告は、税金を納めるためだけの手続きではありません。払い過ぎた所得税を取り戻す「還付申告」という側面もあります。
年末調整では対応できない特定の控除を適用するために確定申告を行うことで、税金が還付される可能性があります。
会社員が還付を受けられる代表的な6つのケースを紹介します。
医療費控除
1年間に支払った医療費が一定額を超えた場合、「医療費控除」を適用することで税金の還付を受けられる可能性があります。
具体的には、年間の医療費の合計が10万円(この年の総所得金額等が200万円未満の人は、総所得金額等の5%)を超えた部分が控除の対象となります。
医療費には、納税者本人だけでなく、生計を一にする配偶者や親族のために支払った医療費も合算できます。
また、治療目的の通院交通費や市販薬の購入費も対象に含まれる場合があります。医療費控除は年末調整では申告できないため、確定申告が必要です。

ふるさと納税(ワンストップ特例を利用しない場合)
ふるさと納税は「寄附金控除」の一種で、確定申告をすることで所得税と住民税の控除を受けられます。
ただし、確定申告が不要な給与所得者で、年間の寄付先が5自治体以内の場合は、確定申告をしなくても控除が受けられる「ワンストップ特例制度」を利用できます。
しかし、以下のケースでは確定申告が必要です。
- 年間の寄付先が6自治体以上の場合
- ワンストップ特例の申請書を提出し忘れた、または期限に間に合わなかった場合
- 医療費控除など、他の理由で元々確定申告が必要な場合
確定申告を行う場合は、ワンストップ特例の申請をしていても無効になるため、すべてのふるさと納税分を申告し直す必要があります。
住宅ローン控除(初年度)
住宅ローンを利用してマイホームを購入した場合、「住宅ローン控除(住宅借入金等特別控除)」によって所得税が還付される可能性があります。この控除は、年末のローン残高に応じて一定額が所得税から直接差し引かれる税額控除であり、節税効果が高い制度です。
この住宅ローン控除の適用を受けるためには、購入した年の翌年に必ず確定申告を行う必要があります。
会社員の場合、2年目以降は勤務先の年末調整で手続きが可能ですが、初年度の確定申告を忘れると控除そのものを受けられなくなるため、注意が必要です。
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年の途中で退職し再就職していない
年の途中で会社を退職し、この年の年末までに再就職しなかった場合、確定申告をすることで所得税が還付される可能性が高いです。
毎月の給与から源泉徴収される所得税は、年間を通じて勤務することを前提に計算されています。そのため、年の途中で退職すると、本来納めるべき税額よりも多く徴収されている状態になります。
退職した会社では年末調整が行われないため、この払い過ぎた税金を取り戻すには、自身で確定申告(還付申告)を行う必要があります。
その他の所得控除・税額控除
医療費控除や住宅ローン控除以外にも、確定申告で適用できる控除があります。
- 雑損控除:台風や地震などの自然災害、火災、盗難などによって資産に損害を受けた場合に適用できる所得控除です。年末調整では申告できません。
- 年末調整での申告漏れ:生命保険料控除の証明書を出し忘れた、扶養親族の申告を忘れたなど、年末調整で控除の申告漏れがあった場合でも、確定申告をすれば控除を適用できます。
- 年末調整後の状況変化:年末調整が終わった後、年末までの間に結婚して配偶者控除の対象になった場合は、確定申告で控除を追加できます。
副業で源泉徴収されている場合
ライターやデザイナーなどの副業で得た報酬からは、所得税が源泉徴収されている場合があります。
源泉徴収される税額は、実際の所得に応じた税額よりも多めに設定されていることが一般的です。
そのため、副業の所得が20万円以下で確定申告の義務がない場合でも、あえて確定申告をすることで、源泉徴収で払い過ぎた税金が還付される可能性があります。
報酬の支払元から発行される「支払調書」で源泉徴収税額を確認し、還付が見込まれる場合は申告を検討するとよいでしょう。
副業をしている会社員が知っておくべき注意点
副業が一般的になる中で、確定申告に関する正しい知識は不可欠です。中でも「20万円ルール」の解釈や住民税の取り扱いについては、誤解が生じやすいポイントです。
副業を行う会社員が押さえておくべき重要な注意点を解説します。
「所得20万円」の正確な意味
確定申告の要否を判断する「20万円ルール」で使われるのは、「所得」の金額です。これは「収入」とは異なります。
- 収入:売上や給与など、受け取った金額の総額
- 所得:収入から、この収入を得るためにかかった必要経費を差し引いた金額(利益に相当)
例えば、ハンドメイド作品の売上(収入)が年間25万円あっても、材料費や送料などの経費が6万円かかっていれば、所得は19万円(25万円 - 6万円)となります。この場合、所得が20万円以下のため、所得税の確定申告は不要です。
経費を正しく計算することが、申告の要否を判断する上で重要になります。
所得20万円以下でも住民税申告は必要
副業の所得が20万円以下で所得税の確定申告が不要な場合でも、住民税の申告は別途必要です。
「20万円ルール」は所得税にのみ適用される特例であり、住民税にはこのような基準はありません。所得がある以上、原則として住民税の申告義務が生じます。
確定申告を行えば、この情報が自動的にお住まいの市区町村に連携されるため、個別の住民税申告は不要です。
しかし、確定申告をしない場合は、市区町村の役所に出向くなどして、自身で住民税の申告手続きを行う必要があります。
この手続きを怠ると、脱税と見なされる可能性があるため注意が必要です。
副業が会社にバレるリスクと対策
副業をしている会社員が一番懸念することの1つが、「確定申告をすると会社に副業がバレるのではないか」という点です。
このリスクは、主に住民税の納付方法に関連しています。住民税の納付方法には、給与から天引きされる「特別徴収」と、自分で納付書を使って納める「普通徴収」の2種類があります。
確定申告の際に、副業分の住民税の徴収方法として「自分で納付(普通徴収)」を選択することで、副業分の住民税が会社の給与から天引きされるのを防げます。これにより、住民税額の変動から会社に副業を知られるリスクを低減させることが可能です。
確定申告書の第二表にある「住民税に関する事項」の欄で忘れずに選択しましょう。
会社員の確定申告のやり方【手順とスケジュール】
会社員が確定申告を行う場合、基本的な流れは個人事業主と変わりません。しかし、給与所得がベースになるため、準備する書類などに特徴があります。
確定申告の期限から納税・還付までの一連の流れを5つのステップに分けて解説します。
確定申告の期限
所得税の確定申告の期間は、原則として翌年の2月16日から3月15日までです。この期間内に申告と納税を完了させる必要があります。
ただし、医療費控除やふるさと納税など、税金の還付を受けるための「還付申告」については、申告対象年の翌年1月1日から5年間提出することが可能です。
例えば、2025年分の還付申告は、2026年1月1日から2030年12月31日まで手続きできます。
申告義務がある場合は期限厳守ですが、還付申告の場合は比較的余裕を持って手続きを進められます。
必要書類を準備する
確定申告書を作成する前に、必要な書類を揃えましょう。会社員が確定申告を行う際に、一般的に必要となる書類は以下の通りです。
- 源泉徴収票:勤務先から年末調整後(年末から翌年1月末)または退職時に交付されます。申告書作成に必須ですが、提出は不要です。
- 本人確認書類:マイナンバーカード、またはマイナンバー通知カードと運転免許証などの身元確認書類。
- 各種控除証明書:生命保険料控除証明書、地震保険料控除証明書、寄附金の受領書(ふるさと納税など)、iDeCoの掛金払い込み証明書など。
- 医療費控除の明細書:医療費の領収書をもとに作成します。
- 住宅ローン控除関連書類(初年度のみ):売買契約書の写し、登記事項証明書、年末残高等証明書など。
- 還付金の振込先口座情報:本人名義の銀行口座情報が必要です。
確定申告書を作成する
必要書類が揃ったら、確定申告書を作成します。主な作成方法は以下の通りです。
- 国税庁「確定申告書等作成コーナー」を利用する:Webサイト上で画面の案内に従って入力するだけで、税額が自動計算され、申告書が完成します。スマートフォンからの作成も可能です。初心者でも分かりやすく、推奨される方法です。
- 会計ソフトを利用する:副業の所得がある場合、日々の取引を記録し、帳簿を作成する必要があります。会計ソフトを使えば、帳簿作成から確定申告書の作成まで一貫して行え、計算ミスも防げます。
- 手書きで作成する:税務署などで確定申告書用紙を入手し、手書きで作成することもできます。ただし、計算や転記のミスが起こりやすいため、注意が必要です。
確定申告書を提出する
作成した確定申告書は、以下のいずれかの方法で提出します。
- e-Tax(電子申告):インターネット経由で申告する方法です。マイナンバーカードと対応スマートフォン(またはICカードリーダライタ)があれば、自宅から24時間提出可能で、還付もスピーディーです。
- 郵送:住所地を管轄する税務署宛に郵送します。信書扱いとなるため、「郵便物」として送る必要があります。提出日は通信日付印(消印)の日付と見なされます。
- 税務署の窓口へ持参:管轄の税務署の窓口に直接提出します。時間外の場合は、時間外収受箱に投函することも可能です。
納税または還付を受ける
確定申告の結果、追加で納める税金がある場合は、申告期限と同じく3月15日までに納税します。
主な納税方法には、振替納税、e-Taxによる電子納税、クレジットカード納付、コンビニ納付などがあります。なお、振替納税の振替日は毎年4月下旬になるので、資金繰りに余裕を持つことができます。
一方、税金を払い過ぎていた場合は、還付金が指定した銀行口座に振り込まれます。還付金が振り込まれるまでの期間は、提出方法によって異なり、e-Taxで申告した場合は約3週間、郵送や窓口提出の場合は約1ヶ月から2ヶ月が目安です。
確定申告をしないとどうなる?ペナルティと対処法
確定申告の義務があるにもかかわらず、期限内に申告をしなかった場合、本来納めるべき税金に加えてペナルティとして附帯税が課されることがあります。
故意でなくても、申告忘れは重い負担につながる可能性があるため、注意が必要です。

無申告加算税
無申告加算税は、正当な理由なく法定申告期限内に申告をしなかった場合に課される税金です。
税務署から調査を受けることになれば、無申告加算税は、納付すべき税額に対して、50万円までの部分は15%、50万円を超える部分は20%、300万円を超える部分は30%の割合で計算されます。
ただし、税務署から調査の通知を受ける前に自主的に期限後申告をした場合は、5%の割合に軽減されます。
延滞税
延滞税は、定められた期限までに税金を納付しなかった場合に、法定納期限の翌日から納付する日までの日数に応じて課される利子に相当する税金です。
申告が遅れた場合だけでなく、修正申告などで追加の納税額が発生した場合にも課されます。
税率は年によって変動し、納付期限から2ヶ月を経過すると税率も上がるため、納付が遅れるほど負担は増加します。
(参考:No.9205 延滞税について|国税庁)
期限後でも早めに申告を
確定申告の期限を過ぎてしまったことに気づいた場合は、1日でも早く申告手続きを行いましょう。
税務署から指摘される前に自主的に申告すれば、無申告加算税の税率が軽減されます。また、延滞税は日割りで計算されるため、申告と納税が早ければ早いほど、この負担を軽く抑えることができます。
申告忘れに気づいたら、放置せずに速やかに行動することが欠かせません。
会社員の確定申告に関するよくある質問
会社員の確定申告について、多くの人が抱く疑問にお答えします。年末調整との関係や、副業に関する具体的な悩みについて、簡潔に解説します。

確定申告は会社がやってくれる?
いいえ、会社が行うのは「年末調整」であり、「確定申告」は行いません。
年末調整で処理できない収入や控除がある場合は、従業員本人が税務署に対して確定申告を行う必要があります。
副業が20万円以下なら何もしなくてよい?
所得税の確定申告は不要ですが、住民税の申告は別途必要です。「20万円ルール」は所得税にのみ適用されるため、所得があれば住民税の申告義務は発生します。
住んでいる市区町村で手続きを行いましょう。
確定申告をすると会社にバレる?
確定申告自体が直接会社に通知されることはありません。
ただし、住民税の納付方法を給与天引きの「特別徴収」にすると、副業所得が加算された税額が会社に通知され、副業が発覚する可能性があります。
これを避けるには、確定申告時に住民税の納付方法で「自分で納付(普通徴収)」を選択することが有効です。
なお、住民税の納付方法とは別の問題ですが、会社によって就業規則などで副業を制限している場合もあり、社内のルールについてはよく確認しておく必要があります。
まとめ
会社員の方でも、年収が2000万円を超える場合や副業所得が20万円を超える場合など、確定申告が義務となるケースがあります。
一方で、医療費控除や住宅ローン控除(初年度)のように、確定申告をすることで払い過ぎた税金が戻ってくるケースも多く存在します。
自身の1年間の収入や支出を振り返り、申告が必要か、あるいは申告したほうがよいかを判断することが大事です。申告が必要な場合は、期限内に正しい手続きを行いましょう。
本記事を参考に、自身の状況を確認し、適切な税務手続きを進めるための一歩を踏み出してみてはいかがでしょうか。
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監修
黒澤 伸
- 税理士/社会保険労務士/CFP®認定者
東京都出身。中央大学商学部会計学科を卒業後、東京国税局に入局。国税庁、東京国税局等に38年間勤務し、2023年に高松国税局長を最後に退官。同年、黒澤伸税理士事務所を開設し、2024年には社会保険労務士としても登録。現在は、税務・会計、社会保険、労働保険等の士業務を中心に、CFPとして事業者のトータルサポートを行っている。
執筆
マネイロメディア編集部
- お金のメディア編集者
マネイロメディアは、資産運用に関することや将来資金に関することなど、お金にまつわるさまざまな情報をお届けする「お金のメディア」です。正確かつ幅広い年代のみなさまにわかりやすい、ユーザーファーストの情報提供に努めてまいります。

